Пробыв некоторое время в миссионерской школе у иеромонаха Антония и утвердившись в решении вступить на новый путь, он поступил в мужской монастырь в городе Хвалынске, где вскоре был пострижен в монашество с именем Нифонт и хиротонисан в сан иеромонаха. В 1925 году епископ Вольский назначил служить иеромонаха Нифонта в храм в село Березовый хутор, где он прослужил до дня своего ареста.
28 декабря 1930 года местное отделение ОГПУ, поставившее своей целью закрытие всех храмов в районе, направило двух милиционеров в село Березовый хутор для ареста священника. Приехав в село, они увидели, что в храме идет богослужение. Тогда они направились в дом священника, чтобы там дождаться его возвращения из храма. В нетерпении они несколько раз посылали сотрудников сельсовета узнать, когда же наконец закончится служба, о чем всем в селе стало известно, как и о предстоящем аресте священника. По окончании литургии было совершено отпевание покойника, гроб с его телом священник проводил на кладбище. Домой отец Нифонт и приехавший к нему в гости его духовный отец, иеромонах Антоний (Винников), бывший с ним в храме, пришли около двух часов дня. По их приходе был произведен обыск, а затем иеромонахов вывели из дома и велели садиться на подводу. К этому времени около дома священника собралась толпа числом около сорока человек, в основном женщин. Они стали требовать освобождения священнослужителей. Тогда милиционеры вытащили оружие и под угрозой стрельбы заставили священников сесть на телегу. Люди закричали, что власти учиняют разбой, и потребовали освободить ни в чем не повинных пастырей. Тогда милиционеры стали переписывать тех из присутствующих, кто вел себя наиболее активно, и угрожать им арестом. Был послан гонец в соседнее село за милицейским подкреплением. Все это принудило верующих отступить, и арестованные священники были увезены в тюрьму в город Сызрань. Однако, арестовав иеромонаха Нифонта, ОГПУ не смогло выдвинуть против него никаких обвинений. Сотрудник местного ОГПУ написал: «Связь с местными кулаками не установлена, но те обстоятельства, что к нему ежедневно носили хлеб и молоко, и больше всего приносили зажиточные, и даже дочь выселенного в Северный край кулака Татьяна Шуракина прислуживала ему, пекла хлеб и стирала белье, – заставляют думать, что поп Выблов имел связь с кулацкой частью села...»
Допрошенный следователем, иеромонах Нифонт виновным себя не признал; об иеромонахе Антонии, арестованном вместе с ним, сказал, что знает его по монастырю в Хвалынске с юности и неоднократно ездил к нему в Хвалынск в последнее время, чтобы исповедаться. В последний раз они вместе вернулись из Хвалынска в село Березовый хутор, где и были арестованы.
Иеромонах Нифонт скончался 30 августа 1931 года в половине десятого утра в Сызранской тюрьме.
Незадолго до его ареста, в середине декабря 1930 года, власти арестовали его духовного сына Александра Антоновича Медема.
19 ноября 1937 года Тройка НКВД приговорила архиепископа Августина (Беляева), архимандрита Иоанникия (Дмитриева), протоиерея Иоанна Сперанского, псаломщиков Алексея Горбачева, Аполлона Бабичева и члена церковного совета Михаила Арефьева к расстрелу.
Архиепископ Августин, архимандрит Иоанникий, протоиерей Иоанн, псаломщики Алексей Горбачев, Аполлон Бабичев и член церковного совета Михаил Арефьев были расстреляны 23 ноября 1937 года и погребены в общей безвестной могиле.
Игумен Дамаскин (Орловский)
«Мученики, исповедники и подвижники благочестия Русской Православной Церкви ХХ столетия. Жизнеописания и материалы к ним. Книга 5». Тверь. 2001. С. 365–414